庙数多了要亲尽迭毁，迭毁法亦按王肃说。晋的庙制和迭毁有一个突出的特点，那就是从东晋开始，宗庙中世系少而牌位多。这是因为元帝并非武帝、惠帝的嫡系[16]，其继地位类似汉光武帝继承汉元帝。《宋书·礼志》记载华恒、温峤讨论结果是不拘泥于经书所载的周代庙制和迭毁之法，而是有所变通，最重要的是改变“兄弟不相入庙”的周制，把同一辈的帝王都立庙，不拘泥于庙的限数，而保证世系齐全。王导认为温峤的对，这样里既肯定了以元帝为准追溯世系，又肯定了兄弟可以都入庙，这就使后来晋宗庙中出现了世系少而牌位多的情况。随着时间推移，明帝崩后因宗庙牌位日多，两晋礼官为此作了变通。《宋书·礼志》记载元帝崩后有十个坎位，成帝崩而康帝继，则有十一个。

　　总之，晋的迭毁法是根据目前在位皇帝的辈分向上推溯，正常情况下应是父死子继，最远的牌位迁出；若是兄弟相继则先前牌位不动，若出现异常则稍作变通。如简文帝为元帝少子，于成帝、康帝为叔辈，于是颖川（汉颖川太守司马俊，宣帝司马懿祖父）、京兆这些远庙牌位又迁入以凑足七代。这样宗庙中免不了祖孙混杂，尊卑不清。穆帝（元帝曾孙）时进行殷祭，宣帝司马懿以上的四府君和太祖的关系在庙制上如何处理终于导致大讨论。有司奏言：

　　“……今晋庙宣皇为主，而四祖（征西、豫章、颖川、京兆）居之，是屈祖就孙也；殷祫在上，是代太祖也。”

　　这段话是说晋宗庙的太祖本应是宣帝，但四祖为宣帝祖先，既迁入庙，就应比作为孙辈的宣帝尊崇，而殷祭时他们地位又在太祖（宣帝）上，这样不合乎强调功业为先的原则。于是引起了群臣讨论。解决办法大同小异，大多认为应重建一室放置四祖牌位，殷祭时同享大祭[17]。安帝义熙九年殷祭时讨论迭毁之制又有了变化，关键在于太祖（宣帝）以上的四府君殷祭时受不受祀。刘裕和琅邪王司马德文认为应“筑别室以居四府君之主，永藏而不祀也”[18]，这样就解决了殷祭时作为太祖的宣帝和宣帝祖先四府君孰尊孰卑的问题。

　　晋的庙制和迭毁法之所以成为一再讨论的焦点，是因为在殷祭（祫禘大合祭）时所有的牌位都要按昭穆排列，假如看法不一，昭穆顺序就会整个不同。《左传·文公2年》记载春秋时鲁合祭乱了昭穆为“逆祀”[19]，是违礼的行为，晋的有司群臣已经明白这一点，在立庙制时刻意避免这种情况，比起东汉藏主于光武帝庙中，积累多了也不实行亲尽迭毁制度[20]来是明显的进步。

　　翻检《宋书·礼志》记载的太常、博士们关于庙制、迭毁制的争论，许多内容似乎琐碎而不易懂，这正反映了他们努力想把限于书本的经学和晋皇室自汉魏以来世系久远，受魏禅代而后偏安江左的复杂政治变化名正言顺地结合起来。政治的变动反映在庙制上，是继位者往往并非父死子继，但后继者必须将先祖们名正言顺地排成一个天然的序列，于是有了坎位和世系不尽相符的变通；这是政治伦理需要对经学、祭祖礼的精确度要求越来越高的表现。

　　晋祭祖礼的另一讨论焦点是行殷祭（宗庙合祭称殷祭，殷为大之意）的时间。安帝义熙二年孔安国曾经以殷祭时日不对奏请免太常博士徐乾、御史中丞范泰等官。理由是徐乾、范泰等因小君（皇后、夫人）之丧废殷祭，孔安国列举故事，说明国君再周（死后的第二年）之内可以殷祭。殷祭的时日是在即吉之后还是丧期之内，潜在地反映着帝王的尊严和礼仪上的吉凶之别[22]——假如皇后丧内废除宗庙合祭，皇帝丧内却合祭，是帝反不如后尊；祭日若在守孝出凶服前，新死之君的牌位尚未入宗庙，此前的祭祖礼只能是凶礼。出现这种情况是有司的失职，这在通儒硕生看来是极其非礼的，因此孔安国才要求追究有司的责任。

　　总之，晋的庙制、祭祖礼细节比前代有进步，但整体规模并不隆盛。这里举一个侧面例子。除了宗庙合祭外，明堂配帝亦涉及到祭先祖。西晋挚虞曾议明堂配祀，汉魏明堂都祀五帝，晋新礼从王肃说，五帝即天，天即五帝，明堂没有了五帝的位置，后来太医令韩杨上书认为仍然应该祀五帝。此后五帝之祀又恢复[23]。但东晋没有修建，东晋孝武帝太元十二年下诏议明堂之制。祠部郎徐邈、吏部尚书王忱都认为等到天下统一才能修建明堂辟雍，于是明堂仍然没有修建，明堂配祖就更谈不上了。
 

　　《宋书·礼志》记载殷祭的程序和南郊祭天略同，亦可分为斋戒、君臣依次就位、三献几步。这里就不赘述了。殷祭时所有的牌位都按昭穆排开，功臣配飨的在庭中设位，由谒者进酒奠爵。礼书记载的周代天子宗庙合祭有九献，此处则只有三献，要简陋得多。这亦是晋祭礼简陋和不完整的另一个反映。