建安五年（公元200年）刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，乃暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承设法诛杀曹操。董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰、王子服等一起密谋，结果事情败露，董承等人都被曹操诛杀，怀孕的董贵人也被绞杀。伏皇后畏惧曹操，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完能够效仿董承，铲除权臣，但伏完始终未敢行动。

　　建安十九年（公元214年）伏皇后要求其父伏完诛杀曹操的密谋败露，曹操要挟献帝废黜伏皇后，并代献帝写好了废黜伏皇后的诏书。接着，派御史大夫郗虑拿着诏书，同尚书令华歆一起带兵包围皇宫搜捕皇后。伏皇后藏到宫中的夹墙里，被华歆拖出。伏皇后披头散发赤脚走出，向献帝哭诉求救，刘协无奈地说：“朕也不知自己的生命何时终了呢！”回过头来对郗虑说：“郗公！天下有这道理吗？”伏皇后被幽闭而死，刘协与她所生的两位皇子亦以毒酒毒杀，伏氏宗族百余人被处死。建安二十年（公元215年），曹操威逼刘协立其女为皇后。

　　延康元年（公元220年），魏王曹操去世，他的儿子曹丕认为自己在北方的地位已经足够稳固，于12月10日逼迫刘协禅让帝位给他，刘协告祭祖庙，使张音奏玺绶诏册，禅位于曹丕。曹丕在繁阳亭登上受禅坛，接受玉玺，即皇帝位。随即进入许都，改建康元年为黄初元年，国号为魏，追尊曹操为武皇帝，庙号太祖。废献帝为山阳公，曹皇后为山阳公夫人，勒令搬出宫去，但仍然可以用汉天子礼乐。

　　由于当时盛传刘协被杀，所以刘备便以汉室宗亲的身分即皇帝位，建立蜀汉，追谥刘协为“孝愍皇帝”，魏明帝青龙二年（234年）三月庚寅（4月21日）刘协寿终正寝，魏明帝以素服为他发丧。八月壬申，以汉天子礼仪葬于禅陵。谥号为孝献皇帝。